NAMD

NAMD
開発元	Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) and the Parallel Programming Laboratory (PPL)

最新版	2.14 / 2020年8月
リポジトリ	gitlab.com/tcbgUIUC/namd
対応OS	クロスプラットフォーム
対応言語	C++
ライセンス	プロプライエタリソフトウェア
公式サイト	ks.uiuc.edu/Research/namd
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NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics program)^[1]は、フリーウェアの分子動力学シミュレーションパッケージの一つである。Charm++並列プログラミングモデルを用いて書かれ、並列効率の高さで知られており、大規模な系（数百万の原子）をシミュレートするためにしばしば使われている^[2]。NAMDはイリノイ大学アーバナ・シャンペーン校のTheoretical and Computational Biophysics Group (TCB) とParallel Programming Laboratory (PPL) との共同研究によって開発されている。

NAMDは1995年にNelsonらによって、可視化コードであるVMDとの連携によってインタラクティブなシミュレーションを可能にする並列分子動力学コードとして導入された。NAMDは、多くの機能を追加し、数千のプロセッサにスケーリングされ、成熟している。2020年8月現在の最新安定版は2.14である。

非商用利用する個人、学術機関、社内ビジネス目的の企業は、コンパイル済みのバイナリとソースコードの両方が無償で入手可能である。

脚注

^ “Flexibility and Interoperability in a Parallel Molecular Dynamics Code” (postscript). http://www.ks.uiuc.edu/~brunner/Papers/SIAMWS98.ps
^ “NAMD A Parallel Object-Oriented Molecular Dynamics Program” (pdf). http://bionum.cs.purdue.edu/NHGD96.pdf